L'association est alors condamnée en novembre 2007 à 10 000 euros d’amende.
Elle décide d’interjeter appel de ce jugement et demande à la cour d’appel de Nancy d’interroger la Cour de justice de l’Union européenne sur la conformité de la directive 2002/55/CE (sur les semences de légumes), la directive 2002/53/CE (relative au catalogue commun des variétés), la directive 2009/145/CE (introduisant certaines dérogations), ainsi que la directive 98/95/CE (modifiant les directives relatives aux variétés végétales génétiquement modifiées et aux ressources génétiques des plantes) au regard des droits et principes fondamentaux de l’Union européenne.
L’avocat général à la CJUE, Mme Kokott, qui a rendu publiques ses conclusions le 19 janvier 2012, estime que l’interdiction de commercialiser les semences « anciennes » non officiellement admises au catalogue de l'UE, prévue à l’article 3, paragraphe 1, de la directive 2002/55/CE, « est invalide en ce qu’elle viole le droit de l’Union » dans son « principe de proportionnalité », de « liberté d’entreprise au sens de l’article 16 de la charte des droits fondamentaux de l’Union européenne », de « libre circulation des marchandises au sens de l’article 34 TFUE », et du « principe d’égalité de traitement au sens de l’article 20 de ladite charte ».
En revanche, aucun élément de nature à mettre en cause la validité des autres dispositions de la directive 2002/55/CE ainsi que celle des directives 98/95/CE, 2002/53/CE et 2009/145/CE n’é été relevé.
Alors que la Commission prépare la réforme de la réglementation sur les semences, la CJUE devrait suivre ces conclusions, favorables à Kokopelli.