Ces derniers doivent faire l'objet de mesures de protection adaptées et les projets, plans, programmes ou manifestations susceptibles de les affecter doivent donner lieu à une évaluation de leurs incidences. C'est notamment sur ce point que la Cour de justice de l'Union européenne avait condamné la France, le 4 mars 2010, pour transposition incorrecte de la directive Habitats 92/43/CEE du 21 mai 1992. La nouvelle version de l'article L.414-4 du Code de l'environnement repose sur un système de listes positives des plans et projets à soumettre à l'évaluation des incidences sur les sites Natura 2000. Les opérations soumises à un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une réglementation distincte de Natura 2000 doivent désormais faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences dès lors qu'elles figurent soit sur une liste nationale établie par décret, soit sur une liste locale complémentaire arrêtée par l'autorité préfectorale. Les opérations non soumises à encadrement peuvent quant à elles faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences à la condition qu'elles figurent sur une liste locale. Un premier décret du 9 avril 2010 est venu fixer le contenu de la liste nationale d'activités – au nombre de 28 – relevant d'un encadrement juridique, les conditions d'adoption des listes locales ainsi que la procédure d'évaluation. Dans sa suite, une circulaire en date du 15 avril 2010 en a précisé les modalités d’application. Un décret du 16 août 2011 est enfin venu compléter ce premier volet du dispositif.

Seconde liste locale
La principale nouveauté du dispositif réside dans l’élaboration d’une seconde liste locale d’activités pouvant être soumises à l’évaluation des incidences Natura 2000. La présente circulaire insiste sur le caractère d’urgence pour l’élaboration de cette seconde liste, l’ensemble des listes nationales et locales devant être communiqué d’ici mars 2012. Le texte renvoie à la circulaire de 2010 pour les formalités d’élaboration, les deux listes locales obéissant aux mêmes procédures. Les conditions d’inscription des différents items à choisir sur la liste nationale de référence ainsi que l’étendue du champ d’application de ces items sont en revanche présentés dans l’annexe I de la présente circulaire. Son annexe II détaille les modalités de traitement des demandes. La circulaire met notamment l’accent sur la nécessaire cohérence avec la première liste locale. Il n’est en particulier "pas acceptable qu’une obligation d’évaluation soit instituée à l’encontre d’une activité non encadrée alors qu’aucune évaluation ne serait requise pour une même activité de plus grande envergure qui serait, elle, encadrée par une obligation déclarative ou un régime d’autorisation", souligne-t-elle.  
Autre nouveauté, l’existence d’une disposition "filet", prévue au IV bis de l’article L.414-4 (voir annexes III et IV de la circulaire). Cette disposition permet de soumettre à évaluation des incidences Natura 2000 tout "document de planification, programme ou projet d’activités, de travaux, d’aménagements, installation, manifestation ou intervention dans le milieu naturel", alors même qu’il ne figure dans aucune des trois listes d’activités soumises à évaluation de leurs incidences. Le recours à cette disposition "filet" doit toutefois revêtir "un caractère exceptionnel", insiste la circulaire.